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CRISPR文庫

CRISPR/Cas9系統(tǒng)是當今基因編輯領域最熱門的明星工具,2013年,Broad研究所的兩個研究團隊分別在Science雜志同一期上發(fā)表了CRISPR文庫的相關研究。在此之后,基于CRISPR/Cas9的工具得到了快速發(fā)展,CRISPRa,CRISPRi及CRISPR敲除文庫已經(jīng)廣泛用于證明新的生物學機制,如耐藥性和細胞存活信號。多篇CNS(Cell、Nature、Science)連續(xù)報道。利用該技術(shù),研究人員在藥物靶標發(fā)現(xiàn)、基因功能研究、藥物敏感基因研究等領域取得了巨大的成功。

1. HYY現(xiàn)有CRISPR篩選文庫
文庫類型 文庫簡介 價格
人源lncRNA 激活庫 Human CRISPR lncRNA Activation Pooled Library (SAM-3)

靶向激活10,504個lncRNA
包含96,458個sgRNA靶點

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人源敲除庫 Human CRISPR Knockout Pooled Library (GeCKO v2)?

靶向敲除19,050個mRNA 及1864個miRNA
包含123,411個sgRNA靶點

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人源激活庫 Human CRISPR Activation Library (SAM-2)

靶向激活23,430個mRNA
包含70,290個sgRNA靶點

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小鼠敲除庫 Mouse CRISPR Knockout Pooled Library (GeCKO v2)

?靶向敲除20,611個mRNA 及1175個miRNA
包含130,209個sgRNA靶點

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小鼠激活庫 Mouse CRISPRa sgRNA library Caprano (P65-HSF)

靶向激活22,774 (Set A), 22,658 (Set B) 個mRNA
包含134,076個sgRNA靶點

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其他 個性化定制 CRISPR/cas9 慢病毒文庫

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2. 全基因組CRISPR文庫有什么作用,能應用于哪些方面,相對其他的有什么優(yōu)勢?

以全基因敲除文庫為例(GeCKO),GeCKO文庫是基于CRISPR-Cas9敲除技術(shù),靶位點覆蓋全基因組的敲除庫。目前我們所擁有的是人類基因組CRISPR敲除文庫,其涵蓋了19050個靶基因,每個基因設計了6個靶位點(分為A,B兩個子文庫,每個子文庫各含3個靶位點),并涵蓋1864個miRNA,每個miRNA有4個靶位點,同時含有1000個空白對照sgRNA質(zhì)粒,共由123411個sgRNA靶標質(zhì)粒組成。
可以將GeCKO文庫質(zhì)粒進行病毒包裝,利用CRISPR敲除文庫病毒轉(zhuǎn)染目的細胞,可以獲得該目的細胞的全基因組敲除的細胞庫,根據(jù)不同的實驗目的,采用相應的篩選方式獲得存活下來的細胞,通過高通量測序,即可得到相應的富集的sgRNA靶位點,篩選出相應的功能缺失型基因。RNA干擾(RNAinterference,RNAi)文庫曾被廣泛應用于功能缺失型基因篩選。利用RNA干擾鑒定高等生物基因功能的技術(shù)雖然已經(jīng)普及,甚至被應用于高通量、全基因組規(guī)模的功能性篩選中,但是由于RNA干擾不能完全抑制基因表達,常常不足以造成穩(wěn)定的表型變化,從而影響對基因功能的正確判斷。另外,RNA干擾經(jīng)常伴隨脫靶現(xiàn)象,其基因回補驗證的過程也非常繁瑣復雜,使用起來不盡如人意,因此必將逐步被CRISPR敲除文庫所取代。

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