大家好，之前小編給大家介紹了ChIP（染色質(zhì)免疫共沉淀）技術(shù)，圍繞以轉(zhuǎn)錄因子為核心，調(diào)取與該轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的基因啟動(dòng)子，獲取的啟動(dòng)子序列進(jìn)行測(cè)序篩選或是Q-PCR驗(yàn)證靶標(biāo)基因，現(xiàn)在給大家?guī)?lái)高維度的方法HiChIP（染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)），如何通過(guò)染色體的構(gòu)象來(lái)分析解決基因調(diào)控間的關(guān)系。HiChIP（in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation）：是一種以蛋白為中心的染色質(zhì)構(gòu)象分析方法，該方法將染色體構(gòu)象捕獲與基于免疫沉淀和 tagmentation的文庫(kù)制備結(jié)合起來(lái)，能夠揭示圍繞目的蛋白的3D染色質(zhì)結(jié)構(gòu)。染色體是由基因和蛋白以及少許RNA構(gòu)成的高度超螺旋結(jié)構(gòu)，DNA與四種組蛋白構(gòu)成八聚體，形成蝶狀核小體結(jié)構(gòu)，蛋白包裹DNA成為染色體，可使得DNA收到良好的保護(hù)，從而基因的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、調(diào)控得以進(jìn)行。對(duì)于調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控蛋白，都需結(jié)合到DNA上起作用，而染色質(zhì)的3D結(jié)構(gòu)會(huì)隨著細(xì)胞生命活動(dòng)和生活周期發(fā)生變化，蛋白所有結(jié)合接觸的基因受染色質(zhì)的空間構(gòu)型所調(diào)節(jié)。

實(shí)驗(yàn)流程

01??細(xì)胞體外交聯(lián)，細(xì)胞核內(nèi)染色體與染色體間相互交聯(lián)結(jié)合；

02??預(yù)冷Hi-C裂解液重懸裂解，核質(zhì)分離，獲取細(xì)胞核；

03??Biotin生物素DNA末端標(biāo)記；

04??染色體超聲斷裂，以轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控蛋白為中心，調(diào)取Hi-C結(jié)合復(fù)合物；

05??反向交聯(lián)，磁珠吸附交聯(lián)中心蛋白、染色體復(fù)合物、生物素DNA；

06??DNA純化獲取。

這樣和大家介紹可能太抽象，

下面以實(shí)例來(lái)說(shuō)明該方法是如何運(yùn)用的~

應(yīng)用場(chǎng)景：調(diào)控因子作用機(jī)制探索

文章內(nèi)容研究方向：?jiǎn)?dòng)子相關(guān)染色質(zhì)相互作用分析揭示了子宮內(nèi)膜癌危險(xiǎn)位點(diǎn)的生物學(xué)相關(guān)候選靶基因

第一步：以H3K27Ac為中心蛋白，運(yùn)用HiChIP分析確定子宮內(nèi)膜細(xì)胞系中啟動(dòng)子相關(guān)染色質(zhì)環(huán)，確立子宮內(nèi)膜細(xì)胞系中染色體結(jié)合環(huán)的數(shù)量。

HiChIP啟動(dòng)子環(huán)豐富了子宮內(nèi)膜癌的遺傳性

第二步：通過(guò)Hi-C技術(shù)揭示-HiChIP啟動(dòng)子循環(huán)揭示子宮內(nèi)膜癌危險(xiǎn)位點(diǎn)的103個(gè)候選靶基因。

啟動(dòng)子相關(guān)染色質(zhì)環(huán)識(shí)別9p21.3位點(diǎn)的HiChIP靶基因。啟動(dòng)子相關(guān)環(huán)與子宮內(nèi)膜癌風(fēng)險(xiǎn)（紅色）交叉，顯示與mir31hG（INE6E7hTERTARK-1細(xì)胞）、CDKN2A（E6E7hTERT和ARK-1細(xì)胞）、CDNK2B-AS1（E6E7hTERT和ARK-1細(xì)胞）和CDKN2B（ARK-1細(xì)胞）相互作用的環(huán)（紫色）。CDK2NA和非編碼反義基因CDKN2B-AS1編碼在相反的DNA鏈上，并共享一個(gè)啟動(dòng)子。

第三步：篩選候選基因

綜合分析：

以子宮內(nèi)膜癌為腫瘤方向，篩選子宮內(nèi)膜癌細(xì)胞系中染色體互作結(jié)合引起的潛在調(diào)控基因，建立染色質(zhì)環(huán)數(shù)據(jù)，能夠分析所有已知的子宮內(nèi)膜癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)，并確定生物學(xué)上相關(guān)的候選靶基因。

功能基因篩選是博士苑科研服務(wù)的優(yōu)勢(shì)平臺(tái)，本文介紹的Hi-C技術(shù)也是用于篩選臨床疾病相關(guān)潛在風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)和靶標(biāo)基因，以染色體結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)，調(diào)控因子或轉(zhuǎn)錄因子為樞紐，尋找篩查相關(guān)結(jié)合靶點(diǎn)，為臨床診斷或預(yù)后模型建立靶點(diǎn)庫(kù)。

我們公司提供:

1.轉(zhuǎn)錄因子與啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)合；

2.增強(qiáng)子預(yù)測(cè)分析；

3.Hi-Chip實(shí)驗(yàn)（種屬：人、小鼠，細(xì)胞量：5x105即可，蛋白：H3K27ac）；

4.高通量測(cè)序；

5.完整實(shí)驗(yàn)報(bào)告及解析。

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